Em uma unidade externa, uma partição ou várias partições serão executadas basicamente da mesma maneira, supondo que você a esteja usando para armazenamento de mídia ou similar.
Os benefícios de velocidade do particionamento é uma falácia na minha opinião, está tudo no mesmo disco rígido no mesmo fuso e sujeito às mesmas velocidades de leitura / gravação. O único benefício é em tempos de busca e isso provavelmente é uma preocupação se você estiver instalando um SO nele.
Para um disco do SO, normalmente recomendo 2 partições, 1 para o SO e Programas 1 para dados e qualquer outra coisa que não seja acessada com freqüência.
A primeira partição terá tempos de busca mais rápidos devido à sua localização física no disco (na borda de ataque).
Como eu disse, se for para armazenamento de dados, uma partição funcionará bem.