Ah, eu percebi, mas vou deixar essa questão para a posteridade.
O problema é que, quando você sai da janela do VMWare, o mouse "desgasta" a seleção. O sistema operacional convidado não é informado disso e você fica preso.
A solução é ir para as preferências do VMWare e desativar a opção de mouse "sair na saída do convidado". O mouse será agora bloqueado na janela de convidados até que você pressione ctrl-alt para liberá-lo corretamente, mas não haverá mais falhas (e reinicializações).