Eu tenho me perguntado a mesma coisa, e o melhor que eu posso determinar é o que o VirtualBox GUI fez alguma coisa (como verificar se há atualizações) que está acionando a notificação na barra de tarefas. Eu gostaria de saber o que era especificamente, mas não sei. Trolling em torno dos Fóruns do VirtualBox também não gerou nenhum indicador.
O que posso oferecer é a ideia de que você pode iniciar sua VM "sem cabeça" e evitar totalmente o ícone intermitente:
VBoxHeadless --startvm "name of vm"