O Time Machine ainda faz o backup de arquivos com link físico separadamente. Portanto, usar o Time Machine para seu backup completo do sistema não funcionará.
Eu usei Carbon Copy Cloner no passado para um arquivo independente ao fazer uma atualização do sistema. De acordo com a documentação, isso lida corretamente com links rígidos. Isso tem a vantagem de você poder inicializar a partir do disco rígido externo se algo der errado durante a atualização.