Sua abordagem de ter um "arquivo contêiner" criptografado é ideal. Mas se você puder evitá-lo, tente não colocar muitos arquivos pequenos e freqüentemente modificados dentro do contêiner criptografado. É um bom compromisso colocar apenas dados confidenciais em um arquivo criptografado ou em um sistema de arquivos aninhados, e tentar garantir que os dados criptografados sejam gravados no mínimo de vezes. É claro que você pode lê-lo quantas vezes quiser (não há limite de leituras), mas as gravações criptografadas degradarão o disco ao longo do tempo de maneira semelhante a uma gravação não criptografada.
Basicamente, o ponto é que gravações muito frequentes são ruins, independentemente de estarem criptografadas. As gravações pouco frequentes são boas independentemente de estarem encriptadas. A sobrecarga de criptografia em termos de armazenamento e complexidade de gravação não é significativa o suficiente para fazer essa grande diferença. Se você está escrevendo com frequência suficiente para matar o disco em alguns anos, então você vai matá-lo em alguns anos - independentemente da criptografia ou não.
BTW, o nivelamento de desgaste geralmente é feito no firmware da unidade, portanto, você não pode realmente esperar que algo em uma camada mais alta, como um sistema de arquivos de criptografia, interfira nisso.