Eu não acho que o que você está procurando tenha muito a ver com visões de conversação (mesmo que eu concorde que tais visões sejam boas). A funcionalidade básica de mensagens encadeadas é suficiente para agrupar os threads de mensagens.
Você deseja arquivar mensagens, o que significa que deseja salvá-las em outras pastas e excluí-las da caixa de entrada. Então, quando uma nova mensagem chega em um thread antigo, você quer que as antigas mensagens arquivadas do thread sejam silenciosamente movidas de volta para o INBOX. O Gmail pode fazer esse tipo de coisa com relativa facilidade, porque as pastas de e-mail no Gmail são "virtuais". Todas as pastas realmente vivem na mesma pasta física e têm etiquetas diferentes colocadas nelas.
Em um cliente de e-mail normal sentado em um PC de mesa, você não quer realmente esse recurso, porque seria muito demorado pesquisar em todos os arquivos para localizar o encadeamento ao qual uma nova mensagem pertence. Tenho certeza de que ele pode ser implementado, mantendo um banco de dados global de todas as mensagens em todas as pastas arquivadas, etc., mas precisaria haver clientela suficientemente grande que acreditasse em "inbox zero" para qualquer desenvolvedor pensar em ir para tal problema.
Como existem, você pode falsificar o arquivamento em um cliente de email poderoso como o VM da seguinte forma:
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Crie um marcador, diga "arquivado" e use-o para tornar as mensagens arquivadas.
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Na exibição normal do INBOX, oculte todos os encadeamentos que tenham apenas mensagens arquivadas.
Então, assim que uma nova mensagem chegar em um segmento antigo, o segmento se tornará visível, porque agora tem uma mensagem não arquivada como parte dela.