o .NET Framework tem um componente FileSystemWatcher, que você pode usar para monitorar estruturas de arquivos para alterações, suponho que você poderia, se estivesse inclinado, escrever um componente do PowerShell para monitorar e registrar alterações em determinadas pastas ou -blown windows forms application.
Isso pode ser útil se você espera que algumas alterações ocorram, como downloads de arquivos, atualizações de arquivos durante uma instalação ou algo semelhante.
Você está tentando determinar quando os arquivos foram alterados após uma infecção por malware?
Personnaly Eu prefiro a prevenção e executar um aplicativo anti-vírus / spyware eficaz (Minha recomendação pessoal, o que eu canto dos telhados sobre, é VIPRE de Sunbelt Software (www.sunbeltsoftware.com) . Ele está sendo executado na minha máquina desktop, laptop e netbook.EDIT: Se você quiser um aplicativo de GUI, então eu recomendo ProcessMonitor de < a href="http://www.sysinternals.com"> www.sysinternals.com