Como você imaginou, qualquer configuração de nível de aplicativo do KDE ou do usuário está no diretório /home/user , e é ótimo ver que você teve a premeditação de se agarrar a isso. Muitas vezes, particularmente onde as distros e DE são as mesmas, você pode reutilizar todo o /home sem alterações. Certifique-se de manter uma cópia da baunilha (que é criada antes de fazer qualquer alteração) para que você possa descobrir as diferenças se algo der errado. O mais importante aqui é certificar-se de que seus UIDs de usuário nas distros Mint KDE e Kubuntu sejam os mesmos. Você pode visualizá-los em /etc/passwd e, se isso não for necessário, você precisará chown as pastas de usuário /home/ para o userid correto:
sudo chown user:users /home/user -R
Em que user é o nome de usuário e users é o grupo principal.
A maior parte da configuração no nível do sistema existe no diretório / etc /. Infelizmente, você não será capaz de simplesmente copiar isso, pois você vai quebrar muitas coisas. Para cada configuração de aplicativo em nível de sistema, você terá que dar um passo de cada vez e decidir se pode simplesmente copiar o arquivo /etc/ do aplicativo em questão ou se precisará mesclar as alterações ou configure como você fez na primeira vez.
Os aplicativos também armazenarão informações e "configuração" em /var/ - bancos de dados MySQL, incluindo sua estrutura armazenada em /var/lib/mysql . Os arquivos Cron são armazenados em /var/spool/cron/ , sites em /var/www e a lista continua. Se você não usou nenhum aplicativo que armazene dados em /var/ , nada disso importa. Se tiver, talvez seja necessário copiar diretórios de var também - não há como dizer sem mais informações.