O sistema de mensagens instantâneas no Ubuntu é chamado Telepatia. A empatia é uma GUI para alguns aspectos dela. Mas Telepathy é realmente diferente do Pidgin. Ele é projetado para ser acessado por diferentes aplicativos ao mesmo tempo, por exemplo. Ou seja, um aplicativo de contato simplesmente faria uma solicitação para uma chamada telefônica e, em seguida, você obteria uma GUI para encerrar a chamada telefônica etc. O aplicativo de contato não precisaria se preocupar com o tipo de protocolo usado etc. trabalho.
Então você poderia usar o Pidgin ao invés do Empathy, mas o Pidgin não pode substituí-lo porque é uma coisa completamente diferente. Você deseja obter um plug-in para integrá-lo ao indicador de mensagem. Não sei se esse plugin existe, mas você pode programá-lo sozinho. Tanto o Pidgin quanto os indicadores possuem boas APIs e documentação.
O Pidgin poderia ser usado como GUI para telepatia.