Este não é um ataque DDOS se houver tráfego real no seu servidor.
O que você está descrevendo não deveria ser possível, mas os hackers ainda podem ter encontrado um caminho. Se o seu servidor foi comprometido, é muito mais provável que o ataque tenha vindo de dentro da sua rede através de outro computador infectado.
Sugiro reformatar o disco deste servidor e reinstalar todo o software. Assegure-se de que seja firewall de ambas as redes externas e internas.
Você também deve verificar todos os computadores da sua rede interna que tenham acesso de qualquer tipo a esse servidor, e no futuro restringir mais qualquer acesso.
Siga os artigos abaixo para o Apache (mais informações certamente serão encontradas em outro lugar):
Dicas de segurança - Servidor HTTP Apache - 20 maneiras de proteger sua configuração do ApacheExistem muitos artigos para proteger o Linux, então aqui estão apenas alguns:
20 dicas de segurança para fortalecimento de servidores Linux
Lista de verificação de proteção do servidor Red Hat Linux