Você pode usar o mencoder - veja esta resposta Acabei de dar. O mencoder tem uma versão do Windows disponível, portanto, se você ainda não o tiver feito, poderá baixá-lo e instalá-lo. O comando seria algo como
mencoder -speed 1.25 -o output.mp4 -ovc lavc input.mp4
Eu não sei se ele pode fazer seu próprio processamento em lote; talvez seja necessário escrever um pequeno script de wrapper ou algo para executá-lo uma vez em cada arquivo que você deseja converter.