Eu pude ver isso acontecendo se você estivesse ficando lento devido a problemas de disco (como a abertura pode mudar como o disco está sendo acessado, fazendo com que pule ou libere um bloco que ele está lutando para usar). Também poderia causar algo comendo toda a CPU para liberar um pouco do tempo suficiente para liberar um estado de bloqueio. Mas nenhum desses cenários seria necessariamente específico do Gerenciador de Tarefas.
Uma coisa 'especial' sobre o Gerenciador de Tarefas é que ele é sempre iniciado com um sinalizador de prioridade "Alto", dando maior prioridade ao uso da CPU do que outro software (geralmente executando com prioridade "Normal"). Isso aumenta a chance de que ele possa roubar recursos suficientes para que o programa bloqueado seja desbloqueado (interrompendo, por exemplo, uma condição de corrida do sistema de arquivos ou um spinlock de thread).
Muito disso provavelmente está na sua cabeça também. Às vezes, o Gerenciador de Tarefas não abre até que a pausa tenha passado, fazendo com que o SEEM goste do Gerenciador de Tarefas fazer com que as coisas avancem, quando, na realidade, ele estava apenas esperando por sua vez. Além disso, muitas vezes as coisas que "não estão respondendo" por um longo tempo realmente terminam o que estavam fazendo no tempo que você demora entre desistir da espera e tentar matar o processo com o Gerenciador de Tarefas. :)