Eu também devo pedir desculpas, eu odeio quando as pessoas respondem "Não faça o que você pediu, use este outro software". Espero que você não se importe. link
Se você estiver familiarizado com o ssh no linux, recomendo não migrar para o PuTTy.
Eu abandonei completamente o PuTTy na minha estação de trabalho do windows e ao invés disso eu vivo no cygwin + tmux + openssh.
Copie seu arquivo .ssh / config para seu diretório pessoal no Cygwin e você estará pronto.
Minha sugestão supõe que você tenha permissões para executar o cygwin-setup.exe