O Debian pode realmente ajudá-lo aqui - apt-get
tem um modo para fazer o download das dependências de origem e de compilação para um pacote, que você pode ajustar e construir sozinho. Em teoria, o setup deve ser idêntico ao que o repositório do Debian contém, então ele deve se integrar bem com sua versão do Apache.
Eu achei originalmente que esta é a PHP Magazine onde eles usaram para customizar a versão do GD que eles estavam compilando com o PHP. Mas você poderia usá-lo para alterar outros flags de construção com a mesma facilidade.
Como o site original não está mais disponível (o link acima é através da Way Back Machine), estou reproduzindo as instruções aqui:
# Install build tools, debian helpers and fakeroot
apt-get install build-essential debhelper fakeroot
# Get PHP source (it should go into /usr/src)
cd /usr/src
apt-get source php5
# Install all packages required to build PHP5
apt-get build-dep php5
#Now what we need is to update compile options,
# so we need to edit debian/rules file:
cd php5-5.2.6.dfsg.1
vim debian/rules
# locate the line having "--with-gd=shared,/usr --enable-gd-native-ttf \"
# replace with "--with-gd=shared --enable-gd-native-ttf \"
# that's remove reference to /usr so that bundled library is used
# compile (drink some coffee, walk you dog, see the latest House episode)
dpkg-buildpackage -rfakeroot
# install the new php5-gd package
cd ..
dpkg -i php5-gd_5.2.6.dfsg.1-3ubuntu4.2_i386.deb
# finally restart apache
/etc/init.d/apache2 restart
Obviamente, altere o número da versão para corresponder à versão que você está realmente compilando e substitua os sinalizadores pelos que você realmente quer.