Tentei fazer isso sozinho e descobri que a discrepância de tamanho é proveniente dos arquivos de diretório. Como eles não são hardlinked, são novos arquivos criados, talvez não com os mesmos metadados?
Para ilustrar isso, execute os seguintes comandos:
ls -alR folderA/ | grep -v '^d' | awk '{total += $5} END {print "Total:", total}'
ls -alR folderB/ | grep -v '^d' | awk '{total += $5} END {print "Total:", total}'
Esses tamanhos devem ser idênticos (arquivos dir não incluídos). Você pode imprimir as listagens com os tamanhos de diretório e diferenciar os resultados para descobrir quais diretórios são exatamente diferentes.