Não é uma resposta, mas uma ideia.
Meu primeiro pensamento foi que a razão pela qual a cópia simples da VM com snapshots não é suficiente, era que o VMWare mantinha um nome de pasta em algum lugar.
No entanto, observei os arquivos criados e não encontrei nenhum nome de pasta em lugar algum.
Minha ideia é, portanto, investigar as possíveis diferenças entre os arquivos de instantâneo
no Windows e no Linux: escolha uma VM simples sem snapshots e copie para o Linux, crie
um instantâneo de nome idêntico em ambos os sistemas e estudar as diferenças. Você pode descobrir qual é a diferença e como converter corretamente a versão do Windows dos arquivos para o Linux.