Tente instalar o dconf-editor e verificar se no-show-notifications está definido como true, para que você possa defini-lo como falso, uma vez aberto você encontrará esta bandeira booleana em com > ubuntu > notificador de atualização
Para instalar o dconf-editor :
sudo apt-get install dconf-editor
Para acessar outras opções relevantes do update-notifier via terminal:
update-notifier --help