Não há penalidade de desempenho imposta por não ativar nenhuma versão do Windows. O que pode estar ocorrendo é isso - desde o Windows Vista, houve um processo de agendamento da tarefa definida pelo sistema que inicia uma desfragmentação semanal do sistema. Como a instalação a que você está se referindo pode não ser capaz de concluir a desfragmentação na janela de 1 hora, você pode ficar com um nível de fragmentação muito mais alto. Isso iria piorar ao longo do tempo, à medida que o sistema tenta desfragmentar, mas é interrompido durante o processo após o limite de reinicialização de 1 hora ser atingido.
Novamente, isso é um "talvez". É claro que você deve examinar o log de eventos e o gerenciador de dispositivos para garantir que você não tenha problemas para resolver também.