O problema que você está enfrentando aqui é que o Windows vai reconhecer seu teclado USB com o HID (Human Interface Driver) e atribuir-lhe o mapeamento de teclado padrão / ativo que você está usando no sistema. (Windows e, no meu conhecimento, nenhum outro sistema operacional de desktop suporta vários mapeamentos de teclado ao mesmo tempo.)
O comentário de Joe sobre um mouse de 72 botões pode ser o seu ingresso. Caso contrário, codificar o software para pesquisar o teclado secundário em vez de usar os sinais de interrupção nativos pode funcionar.