Eu não sei se isso funcionará para o Gentoo, mas pode ser que você esteja usando o xmodmap. Eu encontrei uma correção que funcionou no Fedora 14 para mim no wiki da comunidade Ubuntu :
Para corrigir o problema da chave Fn , fiz o seguinte:
$ sudo bash
# echo 2 > /sys/module/hid_apple/parameters/fnmode
# exit
Adicionei o seguinte a ~/.Xmodmap
para alternar as teclas Alt e ⌘ :
! Swap Alt and Cmd keys.
keycode 37 = Control_L
keycode 133 = Alt_L Meta_L
keycode 64 = Super_L
keycode 108 = Super_R
keycode 134 = ISO_Level3_Shift Multi_key
keycode 105 = Control_R Multi_key
clear Shift
clear Lock
clear Control
clear Mod1
clear Mod2
clear Mod3
clear Mod4
clear Mod5
add Shift = Shift_L Shift_R
add Lock = Caps_Lock
add Control = Control_L Control_R
add Mod1 = Alt_L 0x007D
add Mod2 = Num_Lock
add Mod4 = Super_L Super_R
add Mod5 = Mode_switch ISO_Level3_Shift ISO_Level3_Shift ISO_Level3_Shift
! Configure '=' key on numpad as '='.
keycode 0x7D = equal