O problema estava nas configurações LC_ do meu sistema. Foi definido para:
LANG="cs_CZ"
que provavelmente é padronizado como ISO-8859-2 . Depois de alterar isso para:
cat /etc/env.d/02locale
...
LANG="cs_CZ.UTF-8"
...
env-update && source /etc/profile
reboot # just to be sure
Tudo está bem. O CSV é padronizado para UTF-8.