Talvez seja melhor usar algo como xnote ++ ou uma das outras anotações addons para o Thunderbird. O email é armazenado em um formato mbox e não vejo um método interno para extrair o índice de mensagens. Existem algumas ferramentas externas que você poderia usar para isso, mas isso seria um processo adicional que você teria que manter. Outra opção é salvar o e-mail com o qual você deseja vincular a nota de texto. Em seguida, basta soltar o caminho da mensagem na anotação.