Isso depende mais da sua hospedagem do que do Drupal; mas se você estiver usando o EC2, você pode usar o EBS que armazena automaticamente seus dados no S3.
Existem módulos escritos para backup de banco de dados e backup de arquivos, mas o que eu quero é um backup completo para o Amazon S3 ou outras plataformas de nuvem, para os dados e os sites. Atualmente, como estou, tenho que fazer o backup separadamente e manualmente dos dois.
Existe algum script de módulo / ferramenta / já escrito que me permite fazer isso?
Isso depende mais da sua hospedagem do que do Drupal; mas se você estiver usando o EC2, você pode usar o EBS que armazena automaticamente seus dados no S3.