Encontrou a resposta aqui com um patch que pode ser usado se você recompilar emacs do zero. Acontece que é um bug no modo cc que, espera-se, é corrigido na próxima versão do emacs.
Outra solução um pouco mais fácil é simplesmente usar fill-paragraph
em vez de c-fill-paragraph
.
EDIT: e de a página do emacs no modo php , parece que você tem que aplicar manualmente o patch desde a linha # não se alinham com a fonte atual do emacs.