Duas opções disponíveis no próprio Firefox:
Vá para (nas versões < 4) Bookmarks>Organize Bookmarks
ou (em 4+) Bookmarks>Show All Bookmarks
. Haverá uma lista suspensa de botões para fazer backup / restauração / importação de marcadores próximo ao topo da caixa de diálogo exibida. Haverá opções para exportar seus favoritos como um arquivo JSON ou um arquivo HTML. A restauração do arquivo JSON substituirá completamente os marcadores atuais, enquanto a importação do arquivo HTML adicionará todos os marcadores ao menu Marcadores.
Acho que a versão HTML pode ser melhor para mesclar arquivos de favoritos, mas exigiria que você excluísse todos os marcadores atuais no Firefox antes de importar o arquivo HTML mais recente para evitar toda a duplicação que ocorreria. A versão JSON não tem esse problema, mas não tenho certeza de como seria adequado mesclar, já que ela não usa bicos de linha.
ATUALIZAÇÃO:
Apenas percebi que o Firefox 4, pelo menos, oferece a opção de sincronizar favoritos, etc. Vá para Tools>Options
e selecione a guia "Sincronizar".