Opiniões à parte, vamos ver as opções que você deu:
1) SMB
Isso pode funcionar com os resultados desejados, mas o SMB não é uma boa opção para destinos baseados em WAN devido a riscos de segurança (expondo seu servidor de destino à Internet, por exemplo). Caso contrário, é uma boa opção com precauções de segurança adequadas (regras de firewall, etc.).
2) VPN
Uma VPN sozinha não faz o truque. Você precisaria usar alguma outra tecnologia, como SMB, NFS ou qualquer outro método. Além disso, dependendo da qualidade da conexão, as interrupções podem afetar sua aplicação.
3) SCP
O SCP é um protocolo de transferência de arquivos usando SSH e é semelhante (mas, como os comentários apontaram, não é o mesmo que) SFTP. Esse é um protocolo muito seguro e funciona bem para as suas necessidades, com o efeito colateral de sobrecarga, já que você estaria transferindo arquivos em lotes, em vez de continuamente (ou executando scp x vezes por minuto, por exemplo).
Entre os 3, o SMB é o mais fácil de começar a trabalhar, desde que você o faça corretamente e esteja familiarizado com a maneira correta de configurar o samba.