Está funcionando como esperado. A instrução pause
apenas aguarda a entrada. A única opção é ocultar o fato de estar aguardando uma tecla pressionada.
Quando executo o último arquivo de lote que você mostrou, vejo isso:
C:\Users\asdf\Desktop>more test.bat
@echo off
echo Hello!
pause
echo Hi again!
pause
pause
echo HEY HEY!!
pause
C:\Users\asdf\Desktop>test
Hello!
Press any key to continue . . .
Hi again!
Press any key to continue . . .
Press any key to continue . . .
HEY HEY!!
Press any key to continue . . .
Então estou achando difícil entender o que você está pedindo ...