Esse problema de duplicatas sempre existiu desde o histórico de arquivos introduzido no Windows 8.
Para algumas pessoas, o a seguinte solução funcionou:
- Control Panel -> System and Security-> File History -> Turn off
- Settings -> Update & Security -> Backup -> More options -> Stop using this drive
- Delete the File History folder in your external drive.
- Start using File History again.
Para outros, a solução acima não funcionou. Se você é um deles, você deve considerar uma solução de terceiros. Veja o artigo Melhor Programa Gratuito de Backup Baseado em Arquivos para algumas sugestões.