Se você adquirir o Adobe Acrobat Professional, ele poderá fazer isso. Ou alterando os pixels nos PDFs digitalizados (eu penso, ele pode simplesmente desenhar uma caixa branca por cima) ou alterando os caracteres em um PDF gerado.
Para uma solução gratuita (apenas feita no Linux, YMMV), você poderia converter o PDF novamente em PostScript e (se tiver sorte), você verá pedaços do texto que você pode editar e recriar no PDF, e para digitalizados PDFs você pode convertê-los em arquivos de imagem, editar as imagens com o GIMP e depois convertê-las de volta para PDF.
Qualquer método (Acrobat ou PostScript) que altere o texto geralmente não atrapalha a composição tipográfica (no momento em que o PDF é produzido, cada elemento parece estar fixo em uma posição absoluta na página), mas da mesma forma, texto alterado geralmente parece horrível, já que a composição dos personagens anteriores ainda está em vigor (resultando em larguras de linha desiguais, etc.) E você geralmente tem que mudá-lo em pequenos lotes (às vezes um único caractere de cada vez), então não é adequado para um documento de mais de uma ou duas páginas, a menos que você tenha a paciência de um santo.