Acho que, neste caso, você basicamente precisa começar do zero.
Eu moveria os arquivos para fora da sua pasta do Dropbox, em seguida, vá para dropbox.com e exclua todos os arquivos. Deixe o sistema sincronizar e, em seguida, copie seus arquivos de volta.
Eu suspeito que você provavelmente configurou o Dropbox e disse que o local era sua pasta do Dropbox em vez de instalar o Dropbox limpo e copiar os arquivos. Eu acho que, em uma disputa, o Dropbox mostra que é antes de mostrá-lo. fará o download de todos os arquivos que possui e, em seguida, fará o upload de novos arquivos do seu sistema.
Não sei qual é a política se houver uma disputa de arquivo, se ela foi modificada pela última vez ou se o Dropbox se tornou a fonte. Eu ainda não tive isso acontecer.