Esta é uma transferência unidirecional (ou seja, fazer backup de arquivos novos e alterados no lado do Windows XP para o servidor Unix, nada está sendo alterado do final do Unix)? Isso pode tornar muito mais fácil encontrar uma solução.
Para evitar a varredura de todos os arquivos inalterados existentes, você precisará de algo que verifique uma lista de alterações. No XP, há o diário de alterações NTFS. Sistemas Unix / Linux têm inotify e também journaling filesystems. Mas encontrar um único software que faça AMBOS pode ser difícil. É por isso que espero que este seja um espelho incremental unidirecional e não uma "sincronização" verdadeira.
Ah ... devo mencionar que outro método é com um driver de sistema de arquivos (filtro). No Linux, o framework "fuse" torna isso bastante simples, mas essa abordagem é menos usada porque é muito mais complicada do que processar o diário.