O suporte a legado USB foi criado para o SO que precisava de dispositivos USB adicionais de serviço de código Rom. O NT seria um exemplo. O mesmo aconteceria com muitas das ferramentas do power on bois que estão disponíveis.
Pode haver conflitos entre as ferramentas da bios e os próprios bioses em relação ao suporte a USB. Eles não são todos escritos pelas mesmas pessoas, mas todos podem assumir que estão trabalhando sem uma rede (pre os boot), então ambos fazem um controle de bios de baixo nível e acabam conflitando.
Eu li em algum lugar, mas não consigo encontrar a referência. Vou procurá-lo.