Dê uma olhada em inoticoming nos repositórios. Com isso, você deve ser capaz de sincronizar com um diretório local e ter iniciado uma cópia dos arquivos em outro lugar (DropBox, Ubuntu One) à medida que as alterações forem feitas. Isso também permitirá que você mantenha uma cópia do diretório anterior. Versão em outro lugar também, como eu acho que permite executar uma operação nos arquivos existentes usando uma de suas opções.