Você pode dar uma olhada em lista de certificados do Debian , e eliminar os que não são lá; em seguida, aplique a atualização da CA da Microsoft mais recente e adicione as que você instalou manualmente. Mas como o Debian diz:
Please note that certificate authorities whose certificates are included in this package are not in any way audited for trustworthiness and RFC 3647 compliance, and that full responsibility to assess them belongs to the local system administrator.