Você tentou reiniciar o serviço Bluetooth com:
sudo systemctl restart bluetooth.service após o despertar? Se isso funcionar, você pode acionar a reinicialização com algo assim:
Eu tenho um Microsoft Bluetooth Notebook Mouse 5000 e tive o mesmo problema com dois laptops , um Sony Vaio Z e agora um Lenovo Thinkpad T420s:
Posso emparelhar o dispositivo bluetooth com o computador, e ele funciona bem até que eu reinicie ou coloque o laptop em suspensão (seja hibernar totalmente ou apenas fechar a tampa por um tempo).
Em ambos os casos, o mouse será desligado automaticamente após algum tempo. Quando eu ligo o mouse de volta, porém, a única maneira de usá-lo novamente é abrir o gerenciador de dispositivos Bluetooth do KDE, remover o dispositivo existente e detectá-lo novamente e adicioná-lo novamente.
Eu "confiei" no mouse no gerenciador de dispositivos bluetooth.
Estou usando o Debian squeeze, com o kernel 3.2.0 de backports.
Minhas pesquisas no google encontraram muitas pessoas com problemas semelhantes ou idênticos, mas nenhuma solução.
Você tentou reiniciar o serviço Bluetooth com:
sudo systemctl restart bluetooth.service após o despertar? Se isso funcionar, você pode acionar a reinicialização com algo assim: