Todas as opções acima. O sistema não costuma mentir, o que significa que às vezes acontece.
Continue lendo, porque eu tive uma situação única na qual nenhuma das soluções sugeridas anteriormente funcionou, mas consegui resolver meu problema.
No meu caso, o arquivo "ocupado" era um arquivo de fonte TrueType .ttf em um "disco externo" em uma unidade conectada à rede e, portanto, provavelmente não seria aberto pelo sistema na inicialização. O comando lsof não mostrou nada. Uma reinicialização do mac não mudou nada. Desligar o único outro computador na rede que poderia estar usando o arquivo não alterou nada.
O Utilitário de Disco não podia fazer nada com a unidade, porque não era apenas um dispositivo removível, era um dispositivo remoto, não conectado diretamente ao Mac.
Eu copiei o arquivo com um novo nome, porque no meu caso eu queria renomeá-lo, não excluí-lo. Depois de copiar, não consegui excluir o original porque ele ainda estava "ocupado".
Eu entrei na unidade conectada à rede e tentei "verificar" o "disco externo", mas a verificação falhou. Mas agora eu era capaz de apagar o arquivo original - no Finder, sem usar sudo ou rm -f ou qualquer coisa assim. Não estava mais "ocupado".