Experimente o Sysinternals ProcessExplorer. É uma ferramenta de substituição do gerenciador de tarefas que rastreia com precisão cada pequeno processo que aparece.
Deixe-o em execução e retorne ao seu aplicativo. Quando o problema ocorre alt-tab para Procexp e você pode ser capaz de pegar o que está agarrando toda a atenção.
Edit: Eu literalmente acabei de descobrir isso: Auslogics TaskManager O que quase certamente ajudaria você a identificar o que está acontecendo, com uma interface mais intuitiva e uma riqueza de informações mais facilmente acessíveis do que a Procexp.