Você está fazendo a pergunta errada. Uma pasta é simplesmente uma construção lógica em um sistema de arquivos. Uma pergunta mais apropriada é o mecanismo do sistema de arquivos / armazenamento (que permite pastas).
Provavelmente existem muitas respostas para essa pergunta - todas elas envolvem criptografia. Uma resposta boa e gratuita entre plataformas é "Truecrypt". O Truecrypt permitirá que você criptografe um disco físico ou um arquivo em seu disco existente em um disco virtul - que fornece o que você deseja.