Definir UIAccess = true no manifesto incorporado do executável parece resolver esse problema. O executável também deve estar em um local confiável, como a pasta Arquivos de programas. Para mais informações e um script que faz as modificações necessárias para você, encontre EnableUIAccess no fórum do AutoHotkey.
Obrigado a Cliff Smolinsky por postar o seguinte no rastreador de problemas do Synergy :
A number of security changes have been implemented in Windows 8 which prevent programs which are not Metro apps from injecting keys that would remove you from the Metro environment. The way this works is that the keyboard shortcut is ignored if it doesn't come from a physical keyboard or a program that has the appropriate permissions. [...] In order to have the proper permissions, the program must be built with UIAccess
Não foi possível confirmar isso por meio de qualquer fonte oficial, além do seguinte comentário vago no MSDN:
An accessibility application can use SendInput to inject keystrokes corresponding to application launch shortcut keys that are handled by the shell. This functionality is not guaranteed to work for other types of applications.