Eles fazem coisas diferentes.
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ntpdateé o que você pode considerar "um modo de disparo". Ele é executado uma vez e atualiza o relógio se receber uma resposta do servidor ntp remoto. -
ntpdé executado continuamente e ajusta o relógio um pouco para compensar o desvio e permanecer sincronizado com o servidor ntp remoto.ntpd(por padrão) não fará ajustes maiores que 2 segundos.
É comum executar ntpdate na inicialização do sistema para garantir que o relógio esteja sincronizado e, em seguida, executar ntpd para mantê-lo em sincronia. Se, por exemplo, quando o seu computador inicializa, o relógio está desligado por 3 segundos, então ntpd presumiria que é um salto muito grande para ajustar e, portanto, não faz nada. Seu sistema, então, sairia ainda mais fora de sincronia.