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Na caixa de ferramentas do GIMP, selecione Editar → Preferências .
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Selecione Interface no menu à esquerda e, em seguida, clique no botão "Configurar atalhos de teclado".
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Crie um novo atalho para a função "Excluir camada", eu expandiria a seção "Camadas" e clique em "Excluir camada".
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Digite o atalho ou acelerador desejado. Se o acelerador já estiver atribuído a outra função, uma caixa pop-up dará a você a opção de reatribuir o acelerador à nova função.
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Depois de ter atribuído todos os atalhos desejados, feche a janela "Configurar atalhos de teclado". Clique no botão "Salvar atalhos de teclado agora" para que você possa começar imediatamente a usar seus atalhos.
A opção "Salvar atalhos de teclado ao sair" também deve ser selecionada. Feche a janela Preferências quando terminar.
Referências do Gimp: