a instalação do SP3 tem uma opção de linha de comando para / nobackup e não salvará nenhuma informação de desinstalação se você usá-la. Existem algumas outras opções úteis também, mas acho que este é o que você quer. Um exemplo da linha de comando completa está abaixo. Basta fazer uma corrida - > cmd e, em seguida, mude para o diretório onde sua distribuição xp sp3 está vivendo. Em seguida, execute o comando abaixo (ajustando o patch, é claro) e você deve ir!
C:\Desktop\WindowsXP-KB936929-SP3-x86-ENU /nobackup