-newsubtitle é uma opção obsoleta de versões antigas do ffmpeg; com versões mais modernas, o comando ficará assim:
ffmpeg -i input.m4v -i subtitle.srt -map 0 -map 1 -c copy -c:s mov_text output.m4v
-i input.m4v -i subtitle.srt diz ao ffmpeg para usar esses dois arquivos como entradas.
-map 0 -map 1 diz ao ffmpeg para usar todos os streams da entrada 0 e da entrada 1.
Não é diretamente relevante para isso, mas você pode selecionar streams individuais com -map : -map 0:v selecionaria todos os streams de vídeo da entrada 0, -map 1:s selecionaria todos os streams de legenda da entrada 1, -map 0:0 selecionaria fluxo 0 (o primeiro fluxo) da entrada 0, -map 1:a:0 selecionaria o primeiro fluxo de áudio da entrada 1.
-c copy diz ao ffmpeg para copiar todos os streams da entrada sem recodificar, enquanto tendo -c:s mov_text após o -c copy substitui a configuração de cópia do fluxo de legenda, recodificando-o para um formulário que o contêiner MP4 pode conter.