Você não precisa testar uma máquina sem o .NET 4 toda vez que quiser testar o instalador.
Você pode obter uma máquina completamente atualizada .NET e usá-la para testar os bits do seu instalador sobre o qual você tem controle - ou seja, os bits que instalam o seu software.
A cada [n] testes você precisa testar em uma máquina sem o .NET 4 apenas para ter certeza de que ainda funciona como esperado.
Você não diz quais outros sistemas operacionais está segmentando, mas também deve testar em máquinas que não tenham o .NET 3.5 ou mesmo o .NET 2 instalado.