Eu consideraria o uso do ext4 em instalações novas, já que o aumento de desempenho é bastante significativo. Eu acredito que o ext4 é o padrão para o Ubuntu na próxima versão (9.10), mas está disponível mas não é padrão na versão atual (9.04).
Você pode converter um sistema de arquivos atualmente como ext3 para ext4, mas o aumento de desempenho pode não se aplicar aos dados existentes, uma vez que algumas das alterações da arquitetura interna não se aplicam a esses dados. Quaisquer novos dados, no entanto, você se beneficiaria de extensões e tal.
O ext4 é marcado como estável, então os lançamentos de novos kernels não devem quebrar completamente o seu sistema de arquivos existente como um sistema de arquivos instável como o btrfs faria.
Claro, eu apoiaria as coisas antes de mexer com qualquer coisa, apenas no caso ... você nunca sabe.