Depende do software FDE (criptografia de disco completo). No caso do TrueCrypt - sim, afeta e muito. Neste caso, o disco para o sistema parece tão cheio de dados, e o TRIM não tem efeito. Mas se você estiver usando o BitLocker FDE (incluído no Windows7) - sem problemas, ele é totalmente compatível com SSD. Esta é uma citação de
Is Bitlocker’s encryption process optimized to work on SSDs?
Yes, on NTFS. When Bitlocker is first configured on a partition, the entire partition is read, encrypted and written back out. As this is done, the NTFS file system will issue Trim commands to help the SSD optimize its behavior.
We do encourage users concerned about their data privacy and protection to enable Bitlocker on their drives, including SSDs.
Além disso, de acordo com meus próprios testes (e peço o suporte deles e eles confirmaram também) - Jetico BestCrypt Volume Encryption também compatível com SSD e TRIM (isso é devido a diferentes arquiteturas de software da TrueCrypt, então quando BestCrypt criptografou a unidade conectada, Windows vê-lo como unidade habitual, então TRIM deve funcionar)