Tente
sed ':a;N;$!ba;s/\n\n/ /g' filename
Isso primeiro lerá todo o arquivo e substituirá as novas linhas duplas (e somente aquelas!) por um espaço. Esse truque (ler todo o arquivo) é necessário porque a maioria dos utilitários GNU / Linux processa uma linha de entrada de cada vez, o que lhe daria o resultado errado.