Encontrei a resposta em um relatório de bug interessante
Este relatório mostra duas formas diferentes de alterar o esquema de chaves no Gnome antigo e mais recente
Eu tentei isso no Ubuntu 11.10 (com o Gnome 3), funciona!
gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-key-theme "Emacs"
Se gsettings
não funcionar, o seguinte pode estar disponível
gconftool-2 -s /desktop/gnome/interface/gtk_key_theme -t string Emacs