Por questão de integridade, aqui está uma solução somente em lotes:
@ECHO OFF
SetLocal EnableDelayedExpansion
FOR /L %%G IN (1, 1, 114) DO (
SET num=%%G
IF 1!num! LSS 100 SET num=0!num!
IF 1!num! LSS 200 SET num=0!num!
wget http://server6.mp3quran.net/abkr/!num!.mp3
)
EndLocal
Editar 1: Removemos chaves desnecessárias.
Editar 2: Corrigir o valor inicial do contador para 1.