FREQUENCY não funciona assim.
Uma das maneiras mais rápidas de obter a contagem distinta seria primeiro filtrar as duplicatas e depois selecionar os registros, clicar com o botão direito do mouse na barra inferior do Excel e marcar "Contar".
Veja este post para os valores distintos no Excel .
ATUALIZAÇÃO: Há um monte de maneiras que você poderia conseguir isso .. link